Przedsięwzięcie 4 – Badania naukowe

Celem przedsięwzięcia 4 – Badania Naukowe – będzie utworzenie platformy wymiany doświadczeń naukowych, a także koordynacja i inicjowanie wspólnych projektów naukowych członków konsorcjum z zakresu walidacji, standaryzacji metod oraz badań z dziedziny epidemiologii molekularnej.

W ramach przedsięwzięcia promowane będą wysokiej klasy badania naukowe z wykorzystaniem wiedzy wielodyscyplinarnej i infrastruktury partnerów konsorcjum wraz ze stworzeniem potencjału dla projektów z dziedziny epidemiologii molekularnej na skalę całego kraju i międzynarodową.

Jednym z podstawowych założeń EIEC jest promowanie badań nad biomarkerami, które następnie znajdą zastosowane w badaniach epidemiologicznych. W wyniku prac naukowych EIEC rozwijana będzie dziedzina walidacji biomarkerów ekspozycji i biomarkerów nowotworowych, tudzież biomarkerów wrażliwości osobniczej. Udział w konsorcjum badaczy z klinik onkologicznych umożliwi badania walidacji biomarkerów w oparciu o materiał kliniczny. Przetestowanie tych zwalidowanych biomarkerów w badaniach epidemiologicznych znajdzie zastosowanie w ocenie ryzyka i prewencji w zakresie nowotworów złośliwych.

Istotnym zadaniem EIEC będzie stworzenie bazy dla badań nad nowymi biomarkerami, i nowymi metodami analizy biomarkerów (wysoko wydajnymi). W ostatnich latach szczególnie szybko następował rozwój wiedzy dotyczącej biomarkerów ekspozycji poprzez analizę metabolitów czynników rakotwórczych i analizę adduktów DNA. Biomarkery specyficzne względem ekspozycji na czynniki chemiczne stanowią unikalne narzędzie do oceny związku pomiędzy narażeniem na te czynniki a występowaniem nowotworu. Rozwój wiedzy z zakresu takich biomarkerów, oraz ich walidacja są priorytetowymi dla dalszych badań w obrębie EIEC. Mając na uwadze długotrwały proces rozwoju nowotworu szczególnie ważne jest ustalenie biomarkerów ekspozycji jaka miała miejsce w przeszłości. Równie ważne będą badania nad biomarkerami procesów inicjujących powstawanie nowotworów, biomarkerów wczesnych efektów, oraz progresji zmian nowotworowych. Narzędziem badawczym wykorzystywanym do badania tych powiązań jest epidemiologiczna analiza biomarkerów podatności (analiza wybranych polimorfizmów), biomarkerów ekspozycji oraz biomarkerów skutku (n.p. zmiany profilu metylacji) w korelacji do procesów inicjujących powstawanie nowotworów oraz progresji zmian nowotworowych. Analiza ta pozwala na zrozumienie patomechanizmów choroby a tym samym na analizę najnowszych biomarkerów procesów nowotworowych jak i walidacje znanych biomarkerów ekspozycji. Wdrożenie wyników podniesie dokładność badań analitycznych a ocena wpływu czynników genetycznych i środowiskowych usprawni badania epidemiologiczne i skuteczność stosowanego leczenia.

W ramach projektu grupa skoncentruje się między innymi na poszukiwaniu i walidacji polimorfizmow/mutacji w licznych genach związanych z odpowiedzią zapalną i immunologiczną w nowotworach. W badaniach wstępnych wyłoniono grupy genów determinujacych takie odpowiedzi: CXCL10 (chemokine (C-X-C motif) ligand 10), TLR (toll-like receptor) 1, 4, 7, CD86 (CD86 molecule), IRAK4 (interleukin-1 receptor-associated kinase 4), IL1B (interleukin 1 ), FADD (Fas (TNFRSF6)-associated via death domain), MAPK9 (mitogen-activated protein kinase 9), MAP3K7 (mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7), IKBKB (inhibitor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells, kinase beta), PIK3CB ( phosphoinositide-3-kinase, catalytic, beta polypeptide), IKBKB, TAB1 (TGF-beta activated kinase 1/MAP3K7 binding protein 1), MAPK9, TLR7, TLR1, PIK3CB, CD40 (CD40 molecule, TNF receptor superfamily member 5), CXCL10, MAP3K7.

W świetle intensywnie rozwijającej się wiedzy dotyczącej efektów epigenetycznych działania czynników rakotwórczych ten nurt wiedzy jest także jednym z priorytetów dla EIEC w najbliższym czasie. Wykonywane będą badania walidacyjne biomarkerów i metod o potencjalnej przydatności do oceny narażenia i wczesnego wykrywania efektów nowotworowych. Dokonana zostanie także walidacja nowych metod i analiz bioinformatycznych przez poszukiwanie nowych wzorców i predykcji klas w analizie wyników badań genomicznych, proteomicznych i populacyjnych nad uwarunkowaniami chorób nowotworowych. Przewidujemy, że badania realizowane w przedsięwzięciu przyczynią się do zaproponowania i wprowadzenia do praktyki badań prewencyjnych nowych metod i biomarkerów do oceny narażenia i wczesnych efektów.